神社造営の用材に用いるところから「霊（ひ）の木」が語源とする説や、「日」は太陽を表す最も古い語形で最高のものを表すところから「日の木」が語源とする説がある。またヒノキは精油を含み適度な堅さを持つため、摩擦で火をおこすことに使用されたことから「火の木」が語源とする説もある。
＊檜材は緻密で強度が高く、適切に使用された檜建築物は1000年を超える寿命を持つ。世界最古の木造建築物として1400年余の歴史を持つ法隆寺をはじめ、多くの古寺院は檜建築である。
＊檜は優良な材がえられるため、各地に多数植林されている。杉に次いで多く植林されている樹種である。
＊檜は杉と比較して生長が遅い。大木には風格が滲み、神社に植えられてご神木とされているものも多い。
＊檜の樹皮で葺いた屋根を「檜皮葺」とよばれ、格式の高い神社は桧皮葺である。
主幹が真っ直ぐで枝がやや斜め上方向に伸びる。テッペンは丸みを帯び、円錐形に近い卵型の樹形となる。大きなものは高さ30m余り、胸高直径1m余になる。
（下写真：幹回り4.2m、樹齢約300年の檜）
20年生の檜人工林。
樹皮：
樹皮は赤褐色で、幼木では縦に粗く裂けてはがれる。生長するにつれ縦に長く帯状にはがれる。
檜は針葉樹でありながら葉は針状ではなく、魚の鱗のような麟片状である。
葉は緑色で光沢が有り、長さ1〜3mm麟片状で十字対生し、先端はとがっていない。
気孔帯
檜の葉の裏側にはY字型に見える白色の気孔帯がある。
花期は4月。雌雄同株で雄花・雌花ともに枝先につく。雄花は赤味を帯び長さ2〜3mmの楕円形。雌花は直径3〜5mmの球形。
風媒花である。
実：
実は直径1cmほどの球果で、小さいサッカーボールのような形をしている。初め緑色であるが、開花したその年の10〜11月に赤褐色に熟し、果鱗を開いて種子がこぼれる。
＊天然生としては、木曽、高野山、高知県西部などが、人工造林としては、尾鷲、吉野、天竜、和歌山などの産地が有名である。
＊山地に自生し山腹や尾根などの乾燥する場所を好む。植林の際にも谷間はスギ、中腹はヒノキ、尾根筋はマツと植え分けられる。
＊檜材は耐湿・耐水性が良く、特有の芳香を放つため、しばしば浴槽に使用される。これを「檜風呂」と呼ぶ。
＊檜の樹皮は神社等の屋根を葺くことに利用される。これは檜皮葺（ひわだぶき）と呼ばれる。
＊精油にはヒノキチオ−ルが含まれ、香料や皮膚病の外用薬として活用される。